Desde la década del 90, ICRAF se estableció en Perú, iniciando una colaboración que ya dura más de 15 años con el Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA) y otras instituciones peruanas, en acciones relacionadas principalmente al programa de domesticación de especies agroforestales. La actuación en el Perú comenzó con acciones en Yurimaguas (región de Loreto), que posteriormente se concentraron en Pucallpa (región de Ucayali). A partir del año 2003, el trabajo de ICRAF en la Amazonía ocurre en el ámbito del Consorcio Iniciativa Amazónica (IA), incluyendo como áreas geográficas  principales las regiones de actuación de las instituciones socias, como es el caso del Beni (Riberalta) y Santa Cruz en Bolivia; Caquetá en Colombia; Amazonas (Puerto Ayacucho) en Venezuela; Napo (Tena) en Ecuador; y las regiones de la Transamazónica y del Nordeste del Estado de Pará, en Brasil.


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