Las actividades de ICRAF en América fecha Latina datan desde 1991, cuando el Centro asumió el papel de contraparte de la North Carolina State University (NCSU) en el programa de investigación de Suelos Tropicales, que se llevó a cabo en colaboración con Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas (INIA) en Yurimaguas, Amazonía peruana, desde la década de 1970. Expertos internacionales se basaron también en Brasil y México, con actividades centradas en dos temas: alternativas a la tumba y quema (en el marco del programa ASB) y recuperación de tierras.

En 1995, el programa se amplió para abarcar los cinco componentes principales de investigación, por entonces comunes a los programas regionales de ICRAF (caracterización, políticas, domesticación de árboles, intervenciones de la agroforestería y fortalecimiento de capacidades). Un especialista en  domesticación de árboles fue designado para llevar a cabo actividades en el Perú. Al año siguiente,  ICRAF trasladó la mayoría de sus actividades de investigación  de Yurimaguas hacia la sede principal de Alternativas para la Tumba y Quema (ASB) cerca de Pucallpa, en el Departamento de Ucayali. En 1999, el primer coordinador regional de ICRAF LA renunció y fue reemplazado en el año 2000. En el mismo año también fue designado un economista con sede en Perú. Este equipo de 4 expertos internacionales y staff nacional asociado (todos en el Perú) elaboraron una estrategia regional, que incluía actividades en el piedemonte andino-amazónico y en Mesoamérica, así como en la Amazonía. La estrategia enfatizaba las actividades relacionadas con el programa ASB sobre el cambio climático en sistemas agroforestales, la conservación in situ de la biodiversidad genética a través de la domesticación, la ampliación de la domesticación de árboles junto a las instituciones nacionales y el sector privado, estudios de mercado y oportunidades para la comercialización de productos forestales y la valorización de los servicios ambientales. Sin embargo, esta estrategia no llegó a ser aplicada plenamente, y tres de los cuatro expertos internacionales renunciaron hacia fines de 2002.

Durante la primera década de actividades en América Latina, ICRAF realizó importantes contribuciones para el desarrollo de la agroforestería en el Perú y la región amazónica en general, por ejemplo, en la caracterización de las fuerzas impulsoras de la deforestación en los sitios de referencia de ASB; en las estimaciones de captura de carbono en sistemas alternativos del uso de la tierra, en la demostración y diseminación del potencial de los sistemas de multiestratos y barbechos mejorados y en la domesticación de árboles, donde la contribución de ICRAF ha sido fundamental.

Sin embargo, en 2002 resultó evidente que el programa de América Latina no estaba creciendo en términos financieros. Esta falta de crecimiento se atribuyó, en gran parte, a la dificultad de atraer fondos para el trabajo en América Latina en general y en la Amazonía en particular. Como respuesta, se formuló una estrategia radicalmente nueva, que se basaría en el concepto de un equipo interinstitucional, al cual ICRAF aportaría un especialista en políticas y un especialista en domesticación de árboles. Esta estrategia reflejaba los nichos específicos de intervención de ICRAF y la necesidad de conectar las acciones de aportes para políticas públicas en intervenciones prácticas.   Este equipo interinstitucional colaboraría también en la recaudación de fondos y la ejecución de proyectos de investigación.


Hacia fines de 2002, esta idea se había convertido en el concepto del consorcio hoy conocido como Iniciativa Amazónica, que incluía tanto a los Institutos Nacionales de Investigación Agrícola (INIAs) como a los Centros Internacionales de Investigación Agrícola activos en la Amazonía. La contribución de ICRAF se daría a través de un convenio con el Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) para nombrar en conjunto a un profesional que se desempeñaría en la ciudad de Belém (Pará, Brasil) como Secretario Ejecutivo de la Iniciativa Amazónica, Coordinador Regional de ICRAF y Facilitador de la ASB en la Amazonía. Por otro lado, el especialista en domesticación de árboles se encargaría de supervisar el programa de su especialidad ya existente en el Perú y, a través de la Iniciativa Amazónica, comenzaría actividades similares en otras partes de la Amazonía. La implementación de esta estrategia comenzó a mediados de 2003 mediante el nombramiento del Dr. Roberto Porro (Coordinador Regional) y el Dr. Jonathan Cornelius (especialista en domesticación de árboles).

De acuerdo con la estrategia regional mencionada, entre 2002 y 2003 ICRAF priorizó las actividades de domesticación de árboles, bajo la dirección del Dr. Jonathan Cornelius, con la asistencia de Julio Ugarte (miembro del personal nacional contratado en noviembre de 2002). En 2004, el Equipo Senior de Liderazgo de ICRAF sugirió que las actividades debían hacer mayor hincapié en los servicios ambientales. En el año 2005 un proyecto de 3 años (posteriormente renovado) fue aprobado por la Secretaría Técnica de Cooperación con el CGIAR en el Perú (STC), con el objetivo de aumentar la adopción de la agroforestería en la Amazonía peruana, a través de formación, difusión y fortalecimiento de las redes locales de la Iniciativa Amazónica en un esfuerzo conjunto con la investigación colaborativa.

En 2006, INCAGRO (Innovación y Competitividad para el Agro Peruano), aprobó un financiamiento por tres años para ICRAF y los socios locales de la Iniciativa Amazónica, para llevar a cabo una investigación colaborativa sobre la conservación y el uso de recursos genéticos de frutales amazónicos y especies maderables.

En 2007 otro proyecto fue aprobado por el Fondo de las Américas del Perú (FONDAM  - financiado por USAID) en el área del desarrollo de cadenas de mercado para agro-empresas madereras de pequeños productores rurales. La recaudación de fondos a través de la Iniciativa Amazónica también tuvo éxito al conseguir la renovación del aporte brindado por el gobierno de España, a través de una subvención de 3 años (2007-2009), que en su mayoría fue canalizada a través del CIAT. Por otra parte, ICRAF recibió una subvención otorgada a la Iniciativa Amazónica por parte del Instituto de Desarrollo del Banco Mundial. En 2008, la propuesta del Programa Eco-regional, desarrollado durante el año anterior, fue aprobada por el CGIAR y recibió fondos del Banco Mundial por un período inicial de 3 años. En julio de 2008, Roberto Porro presentó su renuncia como Secretario Ejecutivo de la Iniciativa Amazónica y comenzó un nuevo desafío como científico social senior de ICRAF.

Las alianzas establecidas en el ámbito del Consorcio Iniciativa Amazónica lograron la presencia progresiva de ICRAF en otros países amazónicos, con proyectos que se están ejecutando en forma conjunta en Bolivia (FRUTAM , financiado por FONTAGRO, una subvención de 3 años con un componente sobre domesticación de árboles integrado al desarrollo de cadenas de valor para cinco frutas amazónicas, iniciado a mediados de 2008), y en Ecuador (PrevaleCe2 , con foco en la adaptación al cambio climático, financiado por el gobierno de España a través del Programa de MIA, que se inició a mediados de 2009).

En la actualidad, ICRAF busca una presencia regional más amplia, a través de la promoción de las Alianzas Agroforestales Amazónicas . El periodo 2009-2010 también marcó la revitalización del programa ASB, especialmente en el Perú, a través de estudios de REDD en Ucayali (proyecto REALU , financiado por NORAD) y la asociación con el INIA para la ejecución del proyecto REDD-Alert (financiado por la Unión Europea).